(1) 중소기업 요건 중 실질적 독립성 미충족

• (자산총액 5천억원 이상 법인의 자법인) 직전사업연도 자산총액 5천억원 이상인 법인이 주식 등을 30% 보유하고 최다출자자인 법인으로 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하였음에도 중소기업 관련 공제･감면을 적용

• - (사례) ’21사업연도 자산총액 6,500억원 A법인이 40%를 소유한 B법인이 ’22사업연도에 중소기업특별세액감면을 적용

* 조세특례제한법 시행령§2【중소기업의 범위】

(2) 중복지원 배제대상 공제･감면 중복 적용

• (세액감면과 세액공제 중복적용) 동일 사업연도에 중복지원을 받을 수 없는 공제감면을 동시에 적용

- (사례) 통합투자세액공제와 중소기업특별세액감면 동시에 적용

• (동일 사업장 세액감면 중복적용) 동일 사업장에 중복지원이 안되는 세액감면을 적용

- (사례) 중소기업특별세액감면과 수도권 밖 본사이전 감면을 동시에 적용

• (당기순이익 과세법인의 공제･감면 적용) 당기순이익에 9%(12%)의 세율을 적용하여 법인세를 신고하는 신용협동조합 등 조합법인이 공제받을 수 없는 공제･감면을 적용

• - (사례) 산립조합에서 통합투자세액공제를 적용

* 조세특례제한법 시행령§2【중소기업의 범위】

* 조세특례제한법§127【중복지원의 배제】

* 조세특례제한법§72【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】

(3) 중소기업특별세액감면 적용 오류

• (감면소득 과다 계산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 감면소득에 포함하여 법인세 감면을 과다하게 적용

- (사례) 유형자산처분이익 3,150만원을 감면소득에 포함하여 감면 적용

• (감면사업 결손금을 감면소득에 미합산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 제외한 감면소득에 감면사업의 결손금을 합산하지 않아 감면소득을 과다하게 계산

- (사례) 제조업･건설업 겸영 법인이 건설업 관련 결손을 감면소득에 합산하지 않아 감면소득을 과다하게 계산

• (감면업종 착오) 감면 업종을 영위하지 않으나 세액감면을 적용

- (사례) 음식점업을 영위하는 중소법인이 중소기업특별세액감면 신청

• (감면 한도 초과) 감면세액이 1억원을 초과하거나, 직전연도 대비 고용이 감소하였으나 감면한도를 계산하지 않고 과다 적용

• - (사례) ’21년 대비 ’22년 2명 감소로 한도액을 감액 계산(1억원 – 500만원 × 2명)하지 않고 감면 신청

(4) 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 오류

• (수도권과밀억제권역 기업 감면 착오 적용) 수도권 과밀억제권역 내 창업하였으나, 감면을 적용(’18.5.29.이후 생계형창업이나 청년 창업인 경우 제외)

- (사례) ’22년 10월 경기도에 일반 창업하였으나 감면 적용

• (창업 미해당) 법인전환, 폐업 후 재개업, 분할로 사업승계 등 창업에 해당하지 않으나 감면을 신청

- (사례) 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업(제조업/의류)을 폐업 후(’22.5월) 사업을 다시 개시(’22.7월)하면서 창업 감면 신청

• (감면 업종 착오) 감면 업종을 영위하지 않으나 세액감면을 적용

- (사례) 도소매업을 영위하는 중소법인이 창업중소기업 감면 신청

• (감면소득 과다 계산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 감면소득에 포함하여 법인세 감면을 과다하게 적용

- (사례) 감면소득에 이자수익 500만원, 보험차익 2,600만원을 포함하여 감면 적용

• (감면기간 초과 적용) 최초로 소득금액이 발생한 사업연도를 포함하여 6년차(5년을 경과)에 감면을 신청하거나, 과거 6년 전에 이미 감면을 적용받은 이력이 있는 경우 등 감면기간을 초과하여 적용

- (사례) ’16사업연도에 창업 후 ’17사업연도부터 최소 소득이 발생하여 ’21사업연도까지 감면대상기간이나 ’22사업연도를 감면 신청

• (청년창업감면법인 중 대표자 변경) 감면 신청법인 중 창업 이후 당초 청년이었던 대표자를 다른 대표자로 변경한 후 감면을 계속 적용

- (사례) 서울에 창업 후 청년 대표자 갑을 청년 을로 변경 후에도 감면 신청

• (감면 미해당 업종으로 변경 또는 추가) 감면 신청법인 중 감면업종이 아닌 업종으로 변경한 경우 등에도 감면을 계속 적용

• - (사례) 창업 당시 제조업을 영위하다가 부동산임대업으로 업종 전환한 중소 법인이 창업중소기업 세액감면을 계속 적용

* 조세특례제한법§6, 조세특례제한법 시행령 §5 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】, 기본통칙6-0 …2【감면대상소득의 범위】

(5) 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 오류

• (연구소･전담부서 인정 취소된 법인의 세액공제) 휴･폐업 등으로 연구소 및 연구 전담부서의 인정이 취소되었으나, 인정취소일 이후 발생한 비용에 대해 세액공제를 계속 적용

- (사례) ’22.4월 인정취소 되었으나 ’22사업연도 발생한 연구개발비 전액을 세액공제 적용

• (지분10%초과･지배주주인 임원에게 지급한 인건비 공제) 법인 총발행주식의 10% 초과 보유한 주주이거나 지배주주인 임원에게 지급한 인건비에 대해 세액공제를 적용

- (사례) 연구업무에 종사하고 있으나 21.5%의 지분을 보유하고 있는 지배주주인 임원 갑에게 지급한 인건비에 대해 세액공제 적용

• (겸직 연구원에게 지급한 인건비 공제) 연구소 및 연구전담부서에 근무하고 있으나 행정사무 등 다른 업무를 겸직하는 직원에게 지급한 인건비에 대해 세액공제를 적용

- (사례) 행정업무를 겸직하고 있는 연구소장에게 지급한 인건비에 대해 세액공제 적용

• (연구소 인정이 직권 취소) 연구소 요건미비 등으로 연구소 및 연구전담부서의 인정이 직권취소 되었으나, 인정취소일이 속하는 과세연도에 발생한 비용에 대해 세액공제를 적용

- (사례) ’22.12.10.직권취소되었으나 ’22.1.1.부터 직권취소일까지 발생한 연구비에 대해 세액공제 적용

• (증가분 방식 적용 오류) 직전 4년간 R&D비용이 발생하지 않아 당기분 방식에 따른 세액공제 적용 대상에 해당하나, 증가분 방식에 따라 세액공제를 적용

- (사례) ’20년 개업한 법인으로 ’21년까지 연구인력비가 발생하지 않았으나 ’22년에 증가분 방식으로 세액공제 적용

• (사업운영 시스템 개발을 위한 위탁비용을 공제) 판매시점 정보관리 시스템, 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 사업운영 시스템에 대한 위탁개발비용을 세액공제 적용

• - (사례) 제조관리시스템 구입비에 대해 세액공제 적용

* 조세특례제한법§10, 조세특례제한법 시행령§9【연구･인력개발비에 대한 세액공제】, 별표6

(6) 고용감소 법인의 세액공제 적용 오류

• (고용이 감소 후 추가납부 미적용) 고용증대세액공제, 연구개발특구 등 지역특구 감면을 적용 받은 법인 중 공제받은 사업연도 대비 공제받은 다음(다다음)사업연도에 고용이 감소하였으나 감면분 추가납부 미적용

• - (사례) ’21사업연도 고용증대세액공제 받은 후 ’22사업연도에 ’21사업연도보다 3명 감소하였으나 감면분 추가납부 하지 않음

*조세특례제한법§29의7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】, §12의2【연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면】, §64【농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면】, §121의8【제주첨단과학기술단지 입주기업에 대한 법인세 등의 감면】, §121의9【제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면】, §121의17【기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】등

(7) 근로소득증대 세액공제 적용 오류

• (고용유지 조건 미충족) 근로소득증대세액공제 당기발생액이 있는 법인 중 당해 대비 직전사업연도 고용이 감소하였음에도 세액공제를 적용

• - (사례) ’21년 상시근로자 수가 88.3명이고 ’22년 상시근로자 수가 85.2명이나 세액공제 신청

* 조세특례제한법§29의4【근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

(8) 본사 등 지방이전 감면 적용 오류

• (본사가 수도권인 기업 감면 착오 적용) 본사 지방이전 감면을 적용받은 법인 중 본사가 수도권(서울, 경기, 인천)에 소재함에도 감면을 적용

• - (사례) ’21년 식료품 도소매 영위 법인(중소기업 아님)이 본사를 서울에서 경기도 평택으로 이전하였으나 ’21,’22년 본사이전 감면 신청

* 조세특례제한법§63의2【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등】

(9) 농업회사법인 감면 적용 오류

• (감면기간 초과 적용) 작물재배업 외의 소득 감면을 받은 법인 중 과거 5년 전에 작물재배업 외의 소득으로 감면받은 이력이 있는 경우 등 감면기간(5년)을 초과하여 적용

- (사례) ’16년에 설립된 법인이 ’17년부터 최초로 작물재배업 외 소득이 발생하여 ’21사업연도까지 감면대상기간이나 ’22사업연도를 감면 신청

• (감면율 착오 적용) 감면율 50%(최저한세 적용) 적용대상인 작물재배업 외의 소득에 대해 감면율 100%(최저한세 적용 제외)를 적용

- (사례) 농산물 가공을 통해 발생한 소득에 대해 감면율 100%를 적용

• (보조금을 감면소득에 포함) 보조금 수취 법인으로 감면소득에서 보조금을 제외하지 않고 감면 적용

- (사례) 생산시설 현대화 보조금을 감면소득에 포함하여 감면 신청

• (유형자산처분이익을 감면소득에 포함) 유형자산처분이익을 계상한 법인으로 감면소득에 유형자산처분이익 포함하여 감면 적용

• - (사례) 유형자산처분이익 720만원을 감면소득에 포함하여 감면 신청

* 조세특례제한법§68【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】